Basi di conoscenza e tecniche di Data Mining con applicazioni agli RNA non codificanti

La tesi di Dottorato descrive l'applicazione web denominata miRo', sviluppata nell'ambito delle attivita' di dottorato svolte. miRo' e' una base di conoscenza per l'annotazione funzionale di microRNA e molecole di RNA non codificante coinvolte nella regolazione genica post-trascrizionale. Nella sua prima edizione, miRo' permetteva l'associazione di microRNA con processi e funzioni biologiche nonche' patologie che li coinvolgono attraverso le annotazioni funzionali dei geni da essi regolati. Questo tipo di tool si e' dimostrato utilissimo per la ricerca biologica di base e, soprattutto, biomedica di diversi gruppi internazionali operanti sia negli USA che in Europa ed in Israele. La base di conoscenza permette inoltre di effettuare Data Mining avanzato e di poter valutare le associazioni miRNA - processo/funzione/patologia attraverso una funzione di specificita' che si e' rivelata significativa per le applicazioni. Nella seconda edizione di miRo', sono state introdotte una serie di informazioni su pathway, profili di espressione ed annotazioni genomiche inerenti i microRNA ed i loro target (siti fragili, CpG island, translocation breakpoints), indispensabili per cercare di capire la natura delle associazioni. Contestualmente e' stato progettato un sistema di annotazione con ontologie mediante text mining dei dati di letteratura biologica su Pubmed, con l'obiettivo di sviluppare una funzione di scoring per le associazioni miRNA - fenotipo.