Next-generation sequencing in Populus nigra: de novo assembly, genome-wide SNP map and comparative genomic analysis

Il progetto di dottorato è suddiviso in due parti. Entrambe riguardano l’applicazione della tecnologia Illumina per l’analisi del genoma di Populus nigra. Nella prima parte è stato usato l’approccio di reference assembly per l’individuazione di polimorfismi a singolo nucleotide da utilizzare in analisi di genetica di popolazione e la produzione di uno SNP chip. Nella seconda parte è stato usato l’approccio di "de novo assembly" per ricostruire il genoma di Populus nigra e poter eseguire delle analisi di genomica comparativa tra il genoma della specie in questione e quello di Populus trichocarpa.