Modelling of solute partitioning and permeation through lipid membranes

L’interazione di soluti molecolari con doppi strati lipidici, che include la loro distribuzione tra fase acquosa e membrana e il loro trasporto passivo non-mediato attraverso quest’ultima, è un tema fondamentale nella ricerca in campo biologico e farmaceutico che si occupa del ruolo delle membrane cellulari nei processi di trasporto di sostanze e trasmissione di segnali, della progettazione e veicolazione di farmaci. Secondo una rappresentazione semplificata, un doppio strato lipidico è assimilato ad uno strato d’olio immerso in acqua, e il logP di un soluto è correlato alla sua capacità di attraversare la membrana. In realtà, da molto tempo è stato riconosciuto l’effetto che le proprietà strutturali peculiari di un doppio strato esercitano sulla distribuzione e sulla mobilità di soluti incorporati al suo interno. Negli ultimi anni il fondamentale contributo delle tecniche di Dinamica Molecolare ha favorito l’incremento delle conoscenze acquisite in questo campo. L’elevato costo computazionale delle simulazioni atomistiche ha poi promosso lo sviluppo di metodi coarse-grained che combinano una rappresentazione molecolare del soluto e dell’intorno con la definizione di un numero ridotto di siti effettivi di interazione. In questa tesi il problema è stato affrontato con un approccio differente: l’attività di ricerca si è concentrata sullo sviluppo di un modello implicito per l’ambiente di membrana, in cui il soluto è rappresentato a livello atomistico, mentre il doppio strato lipidico è descritto in termini delle sue proprietà collettive. Modelli di questo tipo possono essere complementari alle simulazioni atomistiche: oltre ad avere un ridotto costo computazionale, essenziale per uno screening di soluti su larga scala, essi forniscono una chiara descrizione dei fenomeni di interesse e della loro origine a livello molecolare, scorporando diversi contributi e correlando proprietà e interazioni molecolari ai loro effetti. La sfida in quest’ambito sta nella difficoltà di fornire una descrizione implicita, fondata dal punto di vista fisico, dell’intorno del soluto, specialmente nel caso di mezzi strutturati. Piuttosto diffusi sono i modelli impliciti per la solvatazione in mezzi omogenei e isotropi, di solito rappresentata come il risultato dell’instaurazione successiva di diverse interazioni soluto-solvente: 1) interazioni repulsive a corto raggio, associate al processo di formazione della cavità ospitante il soluto nel mezzo; 2) interazioni attrattive a corto raggio (o di dispersione); 3) interazioni elettrostatiche a lungo raggio. Le stesse interazioni hanno luogo in ambiente di membrana dove tuttavia, esse sono modulate dalla struttura eterogenea e ordinata del doppio strato, il che rende non banale il problema dell’estensione dei modelli con solvente implicito a questi sistemi. Nello sviluppo di modelli per la rappresentazione implicita dell’ambiente di membrana, le risorse maggiori sono state impiegate per il miglioramento della descrizione del contributo elettrostatico alla solvatazione. In questa tesi l’attenzione è rivolta al contributo non polare, nel tentativo inedito di sviluppare un modello consistente che tenga conto della natura eterogenea e ordinata dell’ambiente di membrana. Un modello generalizzato di Born è stato adottato per la descrizione delle interazioni elettrostatiche tra soluto e doppio strato. Le interazioni attrattive e repulsive a corto raggio sono state introdotte sotto forma di contributi distinti: un’espressione di London generalizzata è utilizzata per l’energia libera associata alle interazioni di dispersione, mentre la variazione di energia libera associata al processo di creazione della cavità del soluto è data dal lavoro reversibile di volume compiuto contro la pressione esercitata dal doppio strato. Un contributo addizionale è introdotto per tener conto delle interazioni anisotrope tra il soluto e le code lipiche ordinate; a questo scopo è utilizzato un modello originariamente sviluppato per i cristalli liquidi. Le proprietà strutturali del doppio strato sono rappresentate attraverso i profili che decrivono la variazione di densità, pressione laterale, e parametro d’ordine delle catene aciliche, con la profondità, e che dipendono dalla fase e dalla composizione chimica del doppio strato. Le caratteristiche del soluto entrano nel modello in termini di coordinate, cariche e polarizzabilità atomiche, e superficie molecolare. Perciò questo modello è in grado di fornire una descrizione dettagliata della variazione di energia libera di un soluto in un determinato doppio strato, in funzione della sua posizione e orientazione che sono intrinsecamente accoppiate per effetto della struttura dell’intorno. La disponibilità di questa superficie di energia libera permette il calcolo di funzioni di distribuzione orientazionali e posizionali e proprietà medie del soluto che possono essere messe in relazione con osservabili fisiche. L’affinità di un soluto per l’ambiente di membrana è alla base della sua capacità di permeazione attraverso il doppio strato, che costituisce un altro argomento di questa tesi. Nell’ambito della trattazione stocastica della diffusione roto-traslazionale, abbiamo derivato un’espressione generale per il flusso di soluti attraverso un doppio strato che tiene conto dell’accoppiamento tra le variabili di orientazione e posizione, generalmente ignorato nelle teorie precedenti. Nelle condizioni appropriate, l’equazione principale del modello di solubilità e diffusione, che mette in relazione il coefficiente di permeabilità intrinseca in membrana di un soluto con i suoi coefficienti locali di partizione e diffusione attraverso il doppio strato, è stata riottenuta. I modelli teorici sviluppati in questa tesi per la partizione e la permeazione di soluti in membrana sono stati implementati in un pacchetto software che potrà essere messo a disposizione della comunità scientifica. I calcoli richiedono un costo computazionale ridottissimo: data la struttura molecolare di un soluto di media grandezza, la sua superficie di energia libera in funzione della sua posizione e orientazione nel doppio strato si può ottenere in pochi minuti con un PC da tavolo. Anche il caso di soluti flessibili può essere affrontato in modo efficiente. Le coordinate atomiche del soluto si possono ottenere da dati sperimentali o calcoli quanto-meccanici. La necessaria parametrizzazione preliminare di alcune proprietà del doppio strato può essere derivata da esperimenti o simulazioni di Dinamica Molecolare: ciò è stato fatto in questa tesi per un doppio strato di DPPC (1,2-dipalmitoil-sn-glicero-3-fosfocolina) in fase liquido-cristallina. Parte del lavoro è stata anche dedicata alla definizione di un set consistente di cariche e polarizzabilità atomiche trasferibili, che è stato validato per confronto delle energie libere di solvatazione misurate e calcolate per alcuni soluti in solventi con diversa polarità. Data la geometria di un soluto, anche il suo coefficiente di permeabilità intrinseca in membrana può essere determinato combinando il calcolo del suo profilo di energia libera di trasferimento dall’acqua in membrana e del suo coefficiente di diffusione nei due mezzi tramite un modello idrodinamico che tenga conto della sua forma molecolare. La metodologia sviluppata è stata applicata a vari soluti, differenti per forma, dimensioni e polarità. Le loro distribuzioni calcolate nel doppio strato modello sono risultate fortemente non uniformi e anisotrope. In particolare le interazioni di dispersione sono risultate determinanti nel confinare i soluti nella regione lontana dal centro del doppio strato, al di sotto dell’interfaccia tra le regioni idrofobica e idrofilica, dove la densità delle catene aciliche è massima. Come atteso, le interazioni elettrostatiche sono risultate favorire la distribuzione di composti polari nella regione idrofilica del doppio strato. I contributi di ordine e cavità all’interazione tra soluto e doppio strato, ignorati in altri modelli impliciti sono risultati influenzare significativamente la posizione e ancor più l’orientazione dei soluti all’interno del doppio strato. Il confronto tra predizioni e dati di letteratura derivanti da esperimenti o simulazioni d Dinamica Molecolare ha dimostrato la capacità della metodologia sviluppata di individuare i fattori importanti nel determinare il comportamento di soluti in membrana. I sistemi che sono stati investigati includono molecole di interesse biologico, come il colesterolo e molecole farmaco-simili, sonde fluorescenti e derivati fullerenici del C60. In quest’ultimo caso le predizioni teoriche sono state combinate con esperimenti di Risonanza di Spin Elettronico in bicelle orientate. L’integrazione della metodologia sviluppata in questa tesi con calcoli quanto-meccanici di stati elettronici eccitati, frutto di una collaborazione agli inizi, sembra promettente allo scopo di chiarire la relazione tra osservabili spettroscopiche e distribuzione in membrana di sonde fluorescenti. I coefficienti di permeabilità calcolati sono risultati estremamente sensibili alla struttura molecolare dei soluti e determinati essenzialmente dalla loro distribuzione; anche in questo caso è stato riscontrato un buon accordo con i dati sperimentali riportati in letteratura.