Graphical modelling of biological pathways

I pathway biologici sono alla base del funzionamento delle cellule viventi. Tali pathway sono diagrammi complessi che coinvolgono geni, proteine e altre piccole molecole, mostrando come essi svolgano un ruolo congiunto nel raggiungimento di uno specifico effetto biologico. Da un punto di vista tecnico, questi network sono rappresentati mediante diagrammi dove i geni e le loro connessioni sono, rispettivamente, nodi e archi. Il principale obiettivo di questa ricerca è sviluppare una tecnica per simulare gli effetti del silenziamento genico. A tal fine, proponiamo un approccio basato su tre passi. Nel primo passo, raffiniamo la struttura di un pathway attraverso il nostro algoritmo CK2. In seguito, nel secondo passo, valutiamo l'incertezza nella struttura raffinata. Infine, nel terzo passo, simuliamo il silenziamento genico tramite intervention analysis nei modelli grafici causali. L'approccio proposto mostra risultati promettenti se applicato al problema della previsione dell'effetto del silenziamento del gene nkd della Drosophila Melanogaster.