Prediction of Protein-Ligand and Protein-Protein Interactions based on Local Surface Similarity

La struttura tridimensionale di una proteina determina la sua funzione. Questa tesi descrive una suite di metodi per il problema del riconoscimento di siti di legame di proteine, basati su una rappresentazione a spin-images della supercie molecolare. Una procedura per l'identicazione di cavita' integrata con una procedura per il riconoscimento di regioni simili in due proteine, e applicata al confronto delle cavita' di due proteine, il confronto all-to-all pairwise di un insieme di cavita', e il riconoscimento di siti di legame multipli in una cavita'. I metodi presentato possono essere usati per analizzare vaste collezioni di proteine.