Analysis of piglet survival in a dry-cured ham-producing crossbred line

Gli obiettivi del moderno allevamento suinicolo mirano principalmente a garantire buone performance in termini produttivi e costi di produzione contenuti. Il controllo della mortalità neonatale rappresenta una delle tematiche più attuali, proprio per gli importanti riflessi sul bilancio aziendale. Attualmente, il tasso di mortalità totale sino allo svezzamento può variare dal 18 al 20% sia per la realtà europea che statunitense. Il numero di suinetti annualmente partoriti da una scrofa è probabilmente considerato il carattere riproduttivo più importante, in grado di condizionare il management aziendale e spesso, per tali motivazioni, l’unico ad essere considerato nei programmi di miglioramento genetico di linee suine. In realtà, gli indubbi miglioramenti ottenuti relativamente a questo aspetto sono spesso vanificati da peggioramenti nella capacità di sopravvivenza del suinetto, sia al parto che durante la fase di allattamento. I dati utilizzati in questa tesi sono stati raccolti presso il nucleo di selezione Gorzagri, sito a Riese Pio X (TV, Italia) e il centro genetico, sito a Todi (PG, Italia) e dedicato al programma di sib-testing della linea verri C21. L’attività del centro è finalizzata alla produzione di famiglie di suinetti ibridi, originati dall’accoppiamento di verri C21 e scrofe ibride Goland. Questi suinetti, di costituzione genetica identica all’ibrido Gorzagri allevato negli allevamenti commerciali, producono le informazioni necessarie per la stima del valore genetico e successiva selezione dei verri e scrofe della linea C21. La linea verri C21 è oggetto di attività di selezione secondo obiettivi finalizzati al miglioramento delle performances di allevamento e dell’attitudine alla produzione del prosciutto crudo stagionato DOP. Obiettivi selettivi sono il miglioramento dell’attitudine alla trasformazione industriale della carcassa e della coscia, particolarmente in relazione alla copertura di grasso della coscia e alla sua qualità (numero di iodio e acido linoleico) e alla presenza di difetti della stessa quali la globosità ed il grado di marezzatura della carne. Inoltre, lo schema selettivo mira all’ottenimento di animali omogenei in termini di accrescimento al fine di permettere un’ottimale organizzazione produttiva all’interno degli allevamenti. Recentemente, anche la capacità di sopravvivenza e la robustness del suinetto sono divenuti oggetto di interesse selettivo. I dati di mortalità dei suinetti sino allo svezzamento sono stati raccolti sia presso il nucleo di selezione che presso il centro genetico di Todi a partire dal 2000. Nel primo contributo i dati di sopravvivenza dei suinetti fino allo svezzamento rilevati presso il centro genetico di Todi, sono stati analizzati utilizzando un modello dei rischi proporzionali e testando diverse baseline hazard function. Il tempo di sopravvivenza del suinetto, considerato come l’intervallo tra la nascita e lo svezzamento, è stato analizzato prendendo in esame gli effetti sistematici dovuti al sesso, messa a balia, mese-anno di nascita, ordine di parto della scrofa allattante, dimensione della nidiata e classi di indice genetico standardizzato dei verri. Quest’ultimo si è reso indispensabile per poter apprezzare le relazioni intercorrenti tra obiettivi di selezione della linea verri C21 attualmente perseguiti e sopravvivenza della progenie; nel modello sono stati inclusi anche gli effetti casuali della nidiata e la componente genetico additiva del verro. La mortalità in allattamento dei suinetti ibridi Goland si è attestata intorno al 14% con un tempo di morte medio pari a 6 giorni. L’effetto del sesso è risultato essere un fattore rilevante sulla mortalità in allattamento: le femmine hanno una probabilità di morire del 20% in meno rispetto alla classe di riferimento (maschi). Lo spostamento a balia ha anch’esso un effetto significativo sulla mortalità in allattamento. I soggetti trasferiti dalla madre “biologica” ad una balia presentano una probabilità di morire del 40% inferiore rispetto ai suinetti non spostati (classe di riferimento). Tali risultati confermano l’importanza di questa pratica manageriale, che porta ad una significativa riduzione della mortalità neonatale. Considerando il fattore “ordine di parto della balia”, si è osservato come i suinetti allattati principalmente da balie primipare abbiano manifestato una probabilità di morire superiore rispetto ai suinetti allattati da pluripare. In particolare, si è potuta osservare una diminuzione del rischio di morte fino al quarto ordine di parto, per il quale il rischio di morte si attestava attorno al 75% di quello che caratterizza suinetti nati da scrofe di secondo ordine di parto (considerate in questo caso come riferimento). Considerando la dimensione della nidiata, è stato possibile constatare che la probabilità di morire aumenta in modo significativo per i suinetti allattati in nidiate di dimensioni ridotte (inferiore a 5 suinetti) oppure molto numerose (superiore ai 15 suinetti) rispetto alla classe di riferimento che in questo caso è rappresentata da nidiate costituite da 9-11 suinetti. Nidiate molto numerose comportano una maggiore competizione tra i suinetti per la mammella (difficoltà ad assumere il colostro) e sovraffollamento con maggiore possibilità di schiacciamento. Per quanto riguarda le nidiate di dimensioni ridotte queste sono state osservate, generalmente, in scrofe che hanno avuto una gestazione non regolare. L’effetto dell’anno e della stagione di nascita è risultato essere un effetto altamente significativo, imputabile a fattori di natura climatica, epidemiologica e manageriale esistenti tra il 2000 ed il 2006. Per quanto riguarda l’indice genetico standardizzato dei verri, da questo studio è emerso che i verri con un indice di merito genetico globale superiore rispetto alla media di popolazione, hanno generato progenie, nel corso degli anni oggetto di studio, con un rischio di morte pre-svezzamento superiore a quelli con indice inferiore rispetto alla media di popolazione. Per quanto riguarda la stima della variabilità genetico additiva indotta dal verro e quella ambientale permanente indotta dalla nidiata sulla capacità di sopravvivenza del suinetto, è emerso che l’effetto della nidiata ha una rilevanza maggiore rispetto a quella del verro e mette in evidenza l’importanza dell’effetto ambientale esercitato dalla scrofa allattante. L’ereditabilità stimata per la sopravvivenza è risultata bassa (0.03), in accordo con stime di ereditabilità reperite in bibliografia. Tuttavia la variabilità genetica associata a questa caratteristica è risultata molto elevata e di grado tale da permettere interventi specifici di miglioramento dei verri appartenenti alla linea C21. I risultati ottenuti nell’ambito del presente lavoro sottolineano che la selezione per la diminuzione della mortalità dei suinetti in allattamento può essere perseguita attraverso l’inclusione della capacità di sopravvivenza del suinetto negli obiettivi di selezione della linea C21. Al fine di testare la possibilità di includere il carattere “sopravvivenza” tra gli obiettivi di selezione della linea verri C21, nel secondo contributo si è proceduto alla valutazione dell’importanza delle informazioni fenotipiche provenienti dal nucleo di selezione Gorzagri per la stima del valore riproduttivo della sopravvivenza alla nascita dei suini ibridi allevati presso il centro genetico. Obiettivo specifico di questo lavoro è stato quello di stimare le correlazioni genetiche tra sopravvivenza alla nascita dei suini puri e sopravvivenza alla nascita dei suini ibridi, originati dai medesimi verri della linea pura, in modo da testare la possibilità di introdurre metodologie selettive CCPS (combined crossbred and purebred selection). La stima della correlazione genetico additiva permette di quantificare, in parte, l’entità dell’interazione genotipo – ambiente degli animali allevati presso strutture differenti. Lo studio è stato condotto su 30,919 (3,162 nidiate) suini di linea pura e 13,643 (1,213 nidiate) suini ibridi. Gli animali di linea pura sono stati generati da 168 verri C21 e 1,413 scrofe C21 di linea pura. I suini ibridi, allevati presso il centro genetico di Todi, sono stati generati impiegando gli stessi 168 verri e 319 scrofe ibride di derivazione Large-White. Il carattere analizzato è stato la sopravvivenza alla nascita come carattere categorico (vivo o morto). Per la stima dei parametri genetici è stato fittato un modello statistico bivariato a soglie (threshold model) utilizzando un approccio Bayesiano. Il modello statistico ha considerato l’effetto del sesso, dell’ordine di parto della scrofa, della dimensione della nidiata e l’anno mese di nascita dei suinetti. Per la stima dei parametri del modello sono state adottate, per gli effetti “fissi”, delle flat priors, mentre per l’effetto della nidiata, della scrofa e la componente genetico additiva del verro, sono state adottate delle Gaussian prior distributions. La media della distribuzione marginale a posteriori della componente di varianza del verro, della scrofa e della nidiata nei suini puri è risultata pari a 0.018 (0.008), 0.077 (0.020), 0.347 (0.025), rispettivamente. Per quanto riguarda le stime delle componenti di varianza nei suini meticci, le stime sono risultate pari a 0.030 (0.018), 0.120 (0.034), and 0.189 (0.032), rispettivamente per la componete del verro, della scrofa e della nidiata. L’ereditabilità per sopravvivenza alla nascita nei suini puri e risultata pari a 0.049 (0.023) mentre quella dei meticci 0.091 (0.054). Per quanto riguarda la correlazione genetica tra questi due caratteri (sopravvivenza in soggetti puri e meticci) è risultata pari a 0.248 (0.336). Tuttavia, l’ampia variabilità di stima (95% Bayesian confidence region: -0.406 - 0.821) suggerisce che il progresso genetico atteso, quando la selezione è basata solamente soggetti puri, potrebbe essere nullo. Nel terzo contributo sono state messe a confronto diverse metodologie per la stima del valore riproduttivo della sopravvivenza del suinetto durante la fase di allattamento. Il modello dei rischi proporzionali, assumendo due differenti baseline hazard function (Cox e Weibull), è stato comparato con un thershold e un sequential threshold model, in termini di capacità predittiva del modello (predictive ability) e di goodness of fit. Le stime di ereditabilità sono risultate basse per tutti e quattro i modelli e variabili tra 0.04 e 0.06. Inoltre le stime dei valori riproduttivi dei verri non hanno provocato sostanziali re-ranking dei riproduttori. Tuttavia in termini di capacità predittiva dei modelli, il sequential threshold model ha manifestato le migliori performance e proprio per questo motivo e per la sua facile interpretazione, potrebbe essere proposto come sistema di valutazione genetica da implementare all’interno del programma di selezione della linea verri C21.