Infectious bronchitis virus: phylogeny and evolution

Il virus della bronchite infettiva aviare è l’agente patogeno di una malattia altamente contagiosa responsabile di ingenti perdite economiche nel settore avicolo. Il virus è caratterizzato da una grande variabilità genetica e antigenica che ha favorito la comparsa e la diffusione di molteplici e differenti tipi virali. Analisi filogenetiche e calcolo delle distanze nucleotidiche esistenti tra i ceppi sono state utilizzate per classificare la grande varietà di virus appartenenti a questa famiglia di patogeni. Nonostante ciò, non si è ancora raggiunto un accordo sul metodo con il quale i ceppi dovrebbero essere confrontati. Questo ha generato notevole confusione poiché ha favorito lo sviluppo di numerosi sistemi di classificazione, molto spesso contrastanti l’uno con l’altro, e l’utilizzo di nomenclature eterogenee che in molti casi non riflettevano la filogenesi. Lo scopo di questo lavoro è proporre un sistema di classificazione che sia semplice e ripetibile e basato esclusivamente sulle relazioni filogenetiche esistenti tra i ceppi di bronchite aviaria. Il lavoro si propone inoltre di assegnare una nomenclatura univoca e razionale dei gruppi genici identificati. Mediate l’analisi di tutte le sequenze nucleotidiche della proteina S1 disponibili in banca dati sono stati identificati 32 diversi lineaggi, compresi in 6 genotipi, e un numero di ceppi originati da eventi di ricombinazione tra lineaggi. Poiché la variabilità esistente tra i diversi ceppi di IBV è abbastanza elevata, qui si propone di usare le relazioni filogenetiche piuttosto che il calcolo delle distanze geniche come criterio più adatto per tracciare la storia evolutiva di IBV. L’adozione di una nomenclatura accettata a livello internazionale è di fondamentale importanza per gli studi futuri sull’epidemiologia ed evoluzione del virus della bronchite infettiva aviaria. Inoltre, così com’è stata sviluppata, la classificazione qui proposta può essere revisionata e aggiornata nel momento in cui saranno disponibili nuove sequenze virali della proteina S1.