Positive selection of hearing loss candidate genes,based on multiple microarray platforms experiments and data mining

Secondo le stime del World Health Organization, le perdite uditive colpiscono circa 278 milioni di persone in tutto il mondo. Approssimativamente 1 bambino ogni 100, nasce con problemi d'udito. Nonostante l'identificazione negli ultimi 10 anni di pi๠di 100 loci genetici associati a fenotipi di perdita uditiva, non tutti i corrispettivi geni causativi sono stati identificati. Normalmente utilizzando un approccio sperimentale di linkage tradizionale non ਠsempre possibile identificare un intervallo genomico sufficientemente corto da essere analizzato per la ricerca di mutazioni. Il lavoro presentato in questa tesi ha lo scopo di selezionare un set limitato di geni potenzialmente coinvolti nelle perdite uditive non sindromiche, utilizzando la combinazione di un approccio biologico e bioinformatico. Il punto di partenza dell'analisi ਠstato il gene GJB2. Il gene GJB2 codifica la Connessina 26, proteina coinvolta nella formazione delle gap junction tra le cellule, ma anche implicata in pi๠del 50% dei casi di perdite uditive non sindromiche. Per questa ragione ਠstato suggerito un ruolo chiave nella biologia dell'orecchio, che va oltre la sua funzione di proteina canale. In questa tesi ਠstato esaminato il profilo d'espressione genica di cellule HeLa transfettate con la forma naturale e con delle forme mutate della Connessina26. Le analisi dei dati hanno identificato numerosi geni differenzialmente espressi e si ਠquindi deciso di passare ad un approccio informatico per ridurne il numero. Questa analisi ha permesso di identificare 19 geni in 11 loci privi di geni causativi selezionandoli in base alla loro espressione rispetto librerie di cDNA prodotte da orecchio. Sono stati quindi identificati i geni omologhi in topo per 5 dei 19 geni, con lo scopo di verificare la loro rilevanza con la perdita uditiva. Per tutti questi 5 geni ਠstata confermata l'espressione nell'organo di corti in topo e con Real-time RT-PCR nelle linee cellulari transfettate impiegate negli esperimenti di microarray. Il progetto proseguirà  ora con lo screening di mutazioni nei geni candidati in famiglie di pazienti selezionate.