Approccio proteomico e bioinformatico all'identificazione di biomarkers proteici per la risposta al 5-Fluorouracile in tumore ovarico multiresistente

Il 5-Fluorouracile (5-FU) ਠun agente chemioterapico, appartenente alla classe degli antimetaboliti, usato in terapia per il trattamento di numerosi tumori solidi come il carcinoma mammario, il carcinoma del colon retto e dell'area testa-collo. Il farmaco esplica la sua azione mediante il suo metabolita attivo 5-fluorodesossiuridilmonofosfato che forma un complesso ternario covalente con la Timidilato Sintasi e il suo cofattore N5,N10-metiltetetraidrofolato, bloccando la sintesi de novo del DNA. Nonostante il 5-FU sia noto da tempo, ad oggi 1600 trials clinici, che adottano il 5-FU in combinazione con altri farmaci, sono in corso. Il carcinoma ovarico ਠla principale causa di morte per tumore ginecologico e la quinta per tumore nella popolazione femminile dei Paesi sviluppati. A causa di sintomi aspecifici ਠspesso diagnosticato in stadio avanzato e la sopravvivenza a 5 anni ਠcirca del 25%. Il trattamento standard (Carboplatino e Paclitaxel) esita in recidive entro i 2 anni dall'inizio del trattamento nel 70-80% dei casi. Questo impone la scelta di una successiva linea di trattamento (Topotecani, Doxorubicina liposomiale peghilata, Gemcitabina, …). In ambito clinico, per pazienti non rispondenti a diversi trattamenti chemioterapici, possono essere impiegati in via sperimentale farmaci antitumorali non standard in modalità  di clinical setting. In quest'ottica il 5-FU ਠstato impiegato in studi clinici in combinazione con farmaci a base di Platino, ed ਠrisultato efficace come linea avanzata di trattamento in pazienti affette da carcinoma ovarico recidivante. Gli studi di proteomica comparativa su campioni di pazienti che hanno risposto differentemente a un trattamento consentono l'identificazione di biomarkers predittivi dell'efficacia di una determinata terapia farmacologica. In particolare i campioni di fluidi biologici (siero o urine) possono essere utili per il monitoraggio di una terapia in corso. Lo scopo del mio lavoro di tesi ਠl'identificazione, mediante approccio proteomico, di un panel proteico che possa essere indicativo della risposta alla terapia con 5-FU in combinazione con Acido Folinico e Oxalil-Platino (FOLFOX) in pazienti con tumore ovarico multiresistente. In collaborazione con il Dott. Ugo De Giorgi, responsabile del Gruppo di Patologia Uro - ginecologico dell'I.R.S.T di Meldola (FC), ਠstato condotto uno studio su 10 pazienti affette da carcinoma ovarico sottoposte a trattamento di ultima linea con FOLFOX. Per ogni paziente ਠstato prelevato un campione prima dell'inizio della terapia e uno al momento della risposta clinica (positiva o negativa) pi๠significativa. Durante il mio lavoro di tesi mi sono occupata: (1) della preparazione dei campioni per l'analisi di spettrometria di massa (MS); (2) dell'elaborazione dei dati di MS per l'identificazione delle proteine modulate dal trattamento; (3) del confronto dei profili di modulazione proteica nelle diverse pazienti in relazione alla loro risposta clinica positiva o negativa; (4) dell'analisi bioinformatica delle proteine modulate in modo differente nelle pazienti in cui il trattamento ਠrisultato efficace rispetto alle pazienti in cui il trattamento non ਠrisultato efficace. I campioni, dopo procedura separativa e digestiva sono stati analizzati mediante spettrometria di massa nLC-ESI-MS/MS presso il laboratorio del Prof. Fulvio Magni del Dipartimento di Scienze della Salute dell'Università  degli Studi Milano Bicocca. In seguito l'identificazione delle proteine differenzialmente espresse (DEP) ਠstata effettuata mediante il software Progenesis® e l'analisi dei processi biologici maggiormente implicati nel meccanismo d'azione del 5-FU e nel meccanismo di farmaco resistenza con software appropriati. Lo studio ha condotto alla definizione di un set di proteine modulate dal trattamento con 5-FU.