Three topics in omics research

Il titolo piuttosto generico di questa tesi è dovuto al fatto che sono stati indagati diversi aspetti di fenomeni biologici. La maggior parte di questo lavoro è stato rivolto alla ricerca dei limiti di uno degli strumenti essenziali per l'analisi di dati di espressione genica: l'analisi dei gruppi. Esistendo diverse centinaia di metodi di raggruppamento, chiaramente non c'è carenza di algoritmi di analisi dei gruppi, ma, allo stesso tempo, alcuni quesiti fondamentali non hanno ancora ricevuto risposte soddisfacenti. In particolare, presentiamo un nuovo algoritmo di analisi dei gruppi per dati statici ed una nuova strategia per il raggruppamento di dati temporali di breve lunghezza. Infine, abbiamo analizzato dati provenienti da una tecnologia relativamente nuova, chiamata Cap Analysis Gene Expression, utile per l'analisi dei promotori su tutto il genoma e ancora in gran parte inesplorata.