Development of genomic tools in the Manila clam, Ruditapes philippinarum, to investigate resistance to major pathogens and potential selection for aquaculture.

La palourde japonaise est une espèce bivalve d’intérêt économique qui représente aujourd’hui environ un quart de la production mondiale de mollusques en aquaculture. La production européenne de cette espèce a beaucoup souffert de l’impact des maladies infectieuses, notamment celles induites par le parasite protozoaire Perkinsus olseni et par la bactérie Gram-négative Vibrio tapetis. Ces pathogènes induisent des maladies chroniques qui ont été associées à des mortalités de masse dans les parcs de production de palourde, ainsi qu’à une diminution de la croissance, de la fécondité, de la production de semis naturel, et de l’état de santé global des animaux. Les difficultés intrinsèques au traitement des maladies dans le contexte de la production de mollusques bivalves ont souligné l’importance d’orienter la recherche vers des stratégies alternatives pour limiter l’impact de ces maladies par 1) l’amélioration des connaissances sur la virulence, la résistance, et les interactions hôte- pathogène et 2) le développement des outils nécessaires aux écloseries pour initier la sélection pour des caractères d’intérêt commercial. Cette thèse, en cotutelle entre l’Université de Padova et l’Université de Brest, et au sein du projet EU Horizon2020 VIVALDI, cherche à évaluer le potentiel de sélection pour l’amélioration de la résistance aux maladies chez la palourde japonaise, ainsi qu’à étudier les mécanismes fonctionnels associés à la résistance. Afin de pouvoir examiner les facteurs génétiques associés à la résistance, un nouvel outil génétique pour l’assignation de parenté a été développé et appliqué pour la première fois à des groupes de palourdes produits en écloserie et élevés dans des conditions commerciales. Cela a permis par la suite d’estimer les paramètres génétiques pour la résistance et pour des caractères morphologiques suite à des études de terrain de grande échelle, révélant un fort potentiel de sélection pour de multiples caractères chez cette espèce pour la première fois, et soulevant des questions sur l’importance de l’effet génotype- par-environnement pour les stratégies de sélection. De plus, les mécanismes moléculaires liés à la résistance ont été étudiés par une approche de protéomique, soulignant les métabolismes potentiellement impliqués dans la résistance à long-terme de palourdes juvéniles. Dans l’ensemble, les travaux effectués lors de cette thèse soulignent la faisabilité d’une future sélection qui intégrerait à la fois des facteurs génétiques et des marqueurs moléculaires pour l’amélioration de la résistance aux maladies chez la palourde japonaise.