Computational Analysis and Annotation of Proteome Data: Sequence, Structure, Function and Interactions

Con l'avvento delle tecnologie di sequenziamento moderne, la quantità di dati biologici disponibili ha cominciato a sfidare la nostra capacità di elaborarli. È diventato quindi essenziale sviluppare nuovi strumenti e tecniche capaci di produrre dei risultati basati su grandi moli di informazioni. Questa tesi si concentra sullo sviluppo di tali strumenti computazionali e dei metodi per lo studio dei dati proteici. Viene dapprima presento il lavoro svolto per la comprensione delle proteine intrinsecamente disordinate. Attraverso lo sviluppo di nuovi predittori di disordine, siamo stati in grado di sfruttare le fonti di dati attualmente disponibili per annotare qualsiasi proteina avente sequenza nota. Memorizzando queste predizioni, insieme ai dati provenienti da altre fonti, è stato creato MobiDB. Questa risorsa fornisce una visione completa sulle annotazioni di disordine disponibili per una qualsiasi proteina di interesse presente nel database UniProt. Sulla base delle osservazioni ottenute da questo strumento, è stato quindi creato un workflow di analisi dei dati con l'obiettivo di approfondire la nostra comprensione delle proteine intrinsecamente disordinate. La seconda parte della tesi si concentra sulle proteine ripetute. Il metodo RAPHAEL è stato sviluppato per contribuire nell'identificazione di strutture proteiche ripetute all'interno dei file PDB. Le strutture selezionate da questo strumento sono state poi catalogate manualmente utilizzando uno schema formale di classificazione, e pubblicate quindi come parte del database RepeatsDB. Infine, viene descritto lo sviluppo di strumenti basati su grafi per l'analisi di dati proteici. RING consente all'utente di visualizzare e studiare la struttura di una proteina come una rete di nodi collegati da tra loro da proprietà fisico-chimiche. Il secondo metodo, PANADA, consente all'utente di creare reti di similarità di proteine e di valutare la trasferibilità delle annotazioni funzionali tra cluster diversi.