Surface plasmon resonance based platforms for clinical and environmental biosensing applications

Il mio lavoro di Tesi di Dottorato, sviluppato presso i laboratori Veneto Nanotech (Nanofab a Marghera, LaNN a Padova ed ECSIN a Rovigo), ha avuto come obiettivo l’utilizzo della tecnologia di risonanza plasmonica di superficie (SPR – Surface Plasmon Resonance) per lo sviluppo di piattaforme biosensoristiche per applicazioni clinica ed ambientali. In particolare, durante il lavoro di Dottorato sono state messe a punto due piattaforme SPR: la prima piattaforma utilizza sonde oligonucleotidiche a DNA per l'individuazione di mutazioni causanti fibrosi cistica (CF) mentre la seconda utilizza anticorpi per il rilevamento di cellule di Legionella pneumophila. Entrambi i sensori sono basati sulla stessa strategia di rilevamento, ovvero l’utilizzo di una metodologia Grating Coupled – Surface Plasmon Resonance (GC-SPR) progettata utilizzando una configurazione conica di illuminazione ad azimut rotato per la rilevazione diretta – senza passaggi di marcatura, label-free – dell’analita in esame. Per quanto riguarda la piattaforma a DNA per la fibrosi cistica, si è sviluppata una strategia per l'individuazione di alcune delle mutazioni più frequenti responsabili CF tra la popolazione italiana. Per la rilevazione di tali mutazioni le superfici di analisi utilizzate sono grigliati sinusoidali, e la rilevazione specifica delle sequenze di interesse si ottiene attraverso l'utilizzo di oligonucleotidi allele-specifici (ASO – allele specific oligonucleotide) con struttura ad hairpin, disegnati per la discriminazione di un singolo nucleotide. I substrati plasmonici sono stati utilizzati per testare campioni wild-type ed eterozigoti (wt/mut) per le mutazioni in esame, amplificati tramite PCR a partire da campioni clinici. Le condizioni di ibridazione sono state ottimizzate per ottenere il rapporto di discriminazione (DR – discrimination ratio) massimo tra campioni wild-type ed eterozigoti. I segnali SPR ottenuti ibridando campioni wild-type e campioni eterozigoti hanno mostrato DR in grado di identificare univocamente i genotipi corretti, come confermato da esperimenti di fluorescenza in microarray eseguiti in parallelo. Inoltre la genotipizzazione ottenuta tramite SPR non è stata inficiata in campioni contenenti DNA interferente, consentendo quindi di utilizzare la piattaforma per la discriminazione in parallelo dei diversi alleli, e la possibilità futura di scalare il sistema con un approccio di high throughput screening. Per quanto riguarda la piattaforma ad anticorpi per la rilevazione di Legionella pneumophila, la medesima strategia basata su GC-SPR è stata messa a punto per ottenere una rilevazione rapida e sensibile di tale patogeno. Il limite legale di L. pneumophila in ambienti ospedalieri ad alto rischio in Italia è di 102 UFC/L (unità formanti colonia) e la metodologia di riferimento per la sua identificazione è una tecnica di coltura microbiologica che richiede tempi di attesa fino a 7 giorni. Partendo da tali considerazioni un sistema GC-SPR altamente sensibile è stato sviluppato ed applicato per la rivelazione di L. pneumophila: la rivelazione è stata accuratamente impostata ed ottimizzata con un ceppo standard del battere, prima attraverso l'utilizzo di superfici d’oro non nanostrutturate (flat) opportunamente funzionalizzate ed analizzate tramite fluorescenza, e successivamente attraverso reticoli sinusoidali (grating) d’oro analizzati tramite elissometria GC-SPR. Attraverso la metodologia GC-SPR ad azimut rotato è stato possibile rilevare fino a 10 UFC, mentre con l’analisi in fluorescenza non è stato possibile identificare quantitativi di battere inferiori a 104 UFC. Risultati positivi sono stati ottenuti anche incubando campioni di L. pneumophila isolati direttamente dall’ambiente ospedaliero. Questa piattaforma di rilevazione potrà essere implementata come prototipo in cui campioni di acqua e aria potranno venir sequenzialmente concentrati, iniettati in un sistema di microfluidica, ed incubati sulla superficie del sensore SPR per l'analisi, obiettivi questi del progetto POSEIDON (Horizon2020) attualmente in corso. La particolare metodologia GC-SPR ad azimut rotato applicata in questo lavoro di Tesi si è dimostrata essere una strategia accurata e altamente sensibile - con possibilità di multiplexing - per la rilevazione di diversi tipi di biomolecole, a partire da frammenti di DNA fino ad intere cellule batteriche.